1958年9月，北京市委决定建立北京市农业科学院，下设北京市农业科学院农业机械化研究所。此为北京市农业机械研究所的前身。
　　1959年11月，北京市人民政府批准设立北京市农业机械化研究所（独立的省级科研单位）。
　　1962年，中华人民共和国农业机械部在北京市海淀区西三旗规划建设北京市农业机械化研究所。
　　1972年，“北京市农业机械化研究所”与“北京市农机机床修理厂”合并，更名为“北京市农业机械研究所”。
　　1976年4月，中华人民共和国第一机械工业部在北京市农业机械研究所建设“北方蔬菜机械试验研究基地”。
　　1984年4月，中华人民共和国机械工业部在北京市农业机械研究所建设“全国养牛机械试验研究基地”。
　　1998年，北京市科学技术委员会在北京市农业机械研究所建设“北京市菜篮子工程机械设备中试基地”。
　　2000年，按照《北京市人民政府办公厅转发市科委关于市属技术开发型科研院所转制意见的通知》精神，北京市农业机械研究所转制为科技企业。
　　2000年，北京市农业机械研究所“京鹏温室工程公司”创立“京鹏”品牌。
　　2001年，北京市科学技术委员会在北京市农业机械研究所建设“北京市工厂化设施农业工程技术研究中心”。
　　2005年，北京市农业机械研究所建设 “北京市农业机械研究发展中心”。
　　2008年，北京市农业机械研究所在北京市通州区启动 “北京市都市型现代农业科技与农机产业创新示范园”建设。
　　2008年4月30日，北京市农业机械研究所控股企业北京京鹏环球科技股份有限公司登陆深交所“新三板”。

 2008年8月18日，北京市工业促进局认定北京市农业机械研究所为“北京市企业技术中心”，并颁发牌匾及证书。

 2009年4月，北京市启动中关村国家自主创新示范区股权激励试点工作，北京市农机所被列为股权激励首批试点单位。

 2010年8月，北京市农业机械研究所京鹏植物工厂，在通州落成正式投入运营，总面积1288.96平方米，成为国内首座大型植物工厂。

2011年，北京市农业机械研究所荣获“首都文明单位标兵”。

2012年，北京市科学技术委员会授牌北京市农业机械研究所北京京鹏环球科技股份有限公司“北京市植物工厂工程技术研究中心”。